Trojlodní bazilika s příčnou lodí, nad jejímž překřížením se zvedá malá věžička, typická pro cisterciácké kostely, byla postavena v raně gotickém slohu podle klasických řádových vzorů. V letech 1710-1722 kostel upravil v duchu takzvané barokní gotiky Jan Blažej Santini. Nejkrásnějším prvkem, kterým Santini oživil strohou podobu chrámu, jsou mostové empory s varhanními skříněmi v místě překřížení lodí. V tomto případě se jedná o vskutku mistrovské včlenění barokního útvaru do stávajícího gotického prostoru. Kvalitu interiéru podtrhuje i hodnotná sochařská výzdoba hlavního oltáře Zvěstování Panny Marie. Jejím autorem byl Řehoř Theny, který do plastik cherubínů vtiskl podobu své umírající manželky. Kopie cherubína, která je dnes umístěná v klášterní expozici, byla jednou z atrakcí slavného československého pavilonu na světové výstavě v Bruselu. Přes Santiniho úpravy zůstaly v kostele zachovány také četné raně gotické prvky, například lomený vstupní portál nebo klenba severní závěrové kaple.

Zatímco konventní kostel býval rozdělen mříží na přední mnišskou část a zadní, určenou pro laické členy řádu, veřejnost navštěvovala kapli sv. Markéty vedle hlavní klášterní brány. Po zrušení kláštera se kostel změnil na farní, přebytečná kaple byla zrušena a nyní slouží jako kavárna.